Mise à jour le 30/10/2025
Saviez-vous que le paquet hygiène préconise de faire des analyses bactériologiques ?
En effet, tous les professionnels de la chaine alimentaire et donc, vous aussi, qui travaillez dans la restauration, pouvez faire effectuer des analyses bactériologiques.

Analyses bactériologiques où vous vous situez ?
Les Analyses bactériologiques
Voici ce que nous pouvons lire à l’article 4 de la réglementation CE 852/2204, il est dit ceci :
« Les exploitants du secteur alimentaire prennent, le cas échéant, les mesures d’hygiène spécifiques suivantes:
a) respect des critères microbiologiques applicables aux denrées alimentaires;
b) procédures nécessaires pour atteindre les objectifs fixés afin que le présent règlement atteigne son but;
c) respect des exigences en matière de contrôle de la température applicables aux denrées alimentaires;
d) maintien de la chaîne du froid;
e) prélèvement d’échantillons et analyses. »
Le règlement s’appuie sur une approche préventive via la mise en œuvre de bonnes pratiques d’hygiène et l’application des principes HACCP (Legifrance), ce qui est fondamental. Les critères ne sont pas une fin en soi, mais des outils de validation et vérification.
De plus, les exploitants décident eux-mêmes des fréquences d’échantillonnage appropriées, sauf lorsque l’annexe I prévoit des fréquences particulières, et cette fréquence peut être adaptée à la nature et à la taille des entreprises, pour autant que la sécurité des denrées alimentaires ne soit pas menacée.
Pourquoi ces analyses sont préconisées ?
1. Valider l’efficacité des mesures préventives
Les analyses permettent de prouver que vos BPH et votre HACCP fonctionnent réellement.
C’est un “thermomètre” de votre système.
2. Détecter les dérives avant qu’il ne soit trop tard
L’analyse de l’évolution des résultats peut mettre en lumière des phénomènes indésirables au niveau du procédé de fabrication, permettant de prendre des mesures correctives avant de perdre la maîtrise du procédé.
3. Apporter une preuve objective
- En cas de contrôle officiel
- En cas de réclamation client
- Pour rassurer vos donneurs d’ordre
4. Base scientifique solide
La sécurité des denrées alimentaires est principalement assurée par une approche préventive, et les critères microbiologiques servent pour la validation et la vérification des procédures HACCP et des autres mesures de contrôle.
Pour les petites structures : efficace ou pas ?
| Les limites pour les TPE/PME | Les avantages réels |
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Le coût
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Preuve de maîtrise
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La pertinence parfois discutable
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Apprentissage
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Le risque de fausse sécurité “J’ai de bons résultats d’analyses donc je peux me relâcher sur l’hygiène” → DANGER ! |
Sécurité juridique
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La complexité d’interprétation
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Mon approche terrain pour les petites structures
1. Prioriser selon le risque
RISQUE ÉLEVÉ → Analyses + fréquentes
- Denrées PAM (Prêt à Manger) à risque Listeria (saumon fumé, charcuteries...)
- Produits fragiles (viande hachée, préparations crues...)
- Produits pour populations vulnérables
RISQUE MODÉRÉ → Analyses ciblées
- Produits cuits/stabilisés
- Rotation rapide
- Process maîtrisé
RISQUE FAIBLE → Analyses ponctuelles
- Produits stables (conserves, produits secs...)
- Validation initiale du process
2. Optimiser les analyses
Option 1 : Analyses de surface plutôt que de produits
- Moins cher
- Plus informatif sur l’hygiène générale
- Permet de corriger avant contamination du produit
- La norme ISO 18593 est utilisée comme méthode de référence pour les prélèvements sur les lieux de transformation et le matériel.
L’option 2 : Pooler les échantillons quand c’est possible
- Mutualiser les coûts
Option 3 : Analyses groupées
- S’associer avec d’autres artisans du territoire
- Négocier des tarifs avec un labo
3. Alterner analyses et autres vérifications
Tel que :
- Semaine 1 : Analyses bactério
- Semaine 2 : Audit hygiène interne + checklist
- Semaine 3 : Contrôle température/traçabilité
- Semaine 4 : ATP-métrie (si pertinent, moins cher)
4. Miser à fond sur la PRÉVENTION
Pour une petite structure, je recommande plutôt d’investir dans :
- Formation du personnel (hygiène, HACCP)
- Équipements adaptés (chambres froides fiables, plans de travail inox…)
- Traçabilité rigoureuse
- Plan de nettoyage-désinfection robuste
- Gestion des températures
- Marche en avant
- Bonnes pratiques d’hygiène
Ma recommandation concrète pour les petites structures
Année 1 – Phase d’apprentissage :
- Analyses fréquentes pour comprendre son process
- Identifier les points critiques
- Valider l’efficacité du nettoyage
Années suivantes – Phase de maintenance :
- Analyses ponctuelles ciblées (2-4 fois/an sur produits finis)
- Analyses environnementales régulières (surfaces, matériel) → plus informatives et moins chères
- Renforcement en cas de changement (nouveau produit, nouveau process, nouveau local)
En parallèle – OBLIGATOIRE :
- PMS béton (écrit, appliqué, vérifié)
- Autocontrôles non-analytiques quotidiens (températures, aspect, odeur…)
- Formation continue
- Traçabilité irréprochable
Le vrai enjeu
La sécurité des denrées alimentaires est principalement assurée par une approche préventive telle que la mise en œuvre de bonnes pratiques d’hygiène et l’application des principes HACCP.
Les analyses ne REMPLACENT PAS les bonnes pratiques, elles les VÉRIFIENT.
Pour une petite structure avec des moyens limités :
- Moins d’analyses mais bien mieux ciblées
- Plus d’investissement dans la prévention
- Plus de rigueur quotidienne
- Plus de formation
C’est souvent plus efficace qu’un plan d’analyses coûteux qui donnerait une fausse impression de sécurité.
En conclusion
Les analyses sont un outil précieux mais pas une fin en soi. Pour les petites structures, une approche proportionnée, basée sur l’évaluation du risque et privilégiant la prévention, est à la fois plus réaliste économiquement et plus efficace pour la sécurité sanitaire.
L’essentiel : comprendre POURQUOI on fait les choses, pas juste cocher des cases !

Bonjour,
Bravo pour vos articles intéressants.
Bonjour,
J’ai pris récemment un poste de responsable qualité chez un grossiste de viande dont d’activité principale est la découpe et la mise sous vide. j’ai commencé par faire une mise à jour du dossier d’agrément, j’ai constaté que les autocontrôles microbiologiques été effectué sous plusieurs conditions: (J+10 à partir du jour de mise sous vide et une interruption de la chaîne du froid) tout en sachant qu’une une étude de vieillissement a été réalisée et que l’entreprise ne vend pas directement aux consommateurs (La DLC est validé et il n’y a pas de rupture de la chaîne du froid). Je compte simplifier les autocontrôles et faire des analyses à réception pour évaluer la qualité microbiologique de la matière première et des analyses après mise sous vide des produits manipulés (produits finis) pour évaluer la maîtrise des bonnes pratiques d’hygiène dans nos ateliers (les analyses sont effectuées suivant les critères de l’inter profession). Est ce que cela est suffisant pour assurer notre responsabilité de fournir des produits conformes du point de vue microbiologique ??
Bonjour,
Dans les critères FDC figurent des critères de sécurités et des critères d’hygiène des procédés(CHP), cependant il est précisé par l’afssa qu’un “faible dépassement de la limite microbiologique d’un CHP ne rend pas l’aliment impropre à la consommation.” Mais comment fixer la limite de concentrations bactériennes qui rendrait l’aliment impropre à la consommation ?
CDT
Marine
Critères FCD plutôt 🙂
Bonjour,
En utilisant les données issues du règlement CE n°2073/2005 DE LA COMMISSION du 15 novembre 2005 concernant les critères microbiologiques applicables aux denrées alimentaires.
Ou
En faisant une recherche bibliographique sur les seuils de concentrations bactériennes qui rendent impropre à la consommation un aliment, quand le seuil n’est pas précisé dans ce règlement.
bonjour
Je suis in projet d ouverture d’une restauration rapide
dois je passer un laboratoire d’analyse ou je peux faire moi même l’autocontrôle microbiologique
Et acheter le nécessaire pour le faire
Je suis dans la région des hauts de France
CordialementMr melouk Rachid
Bonjour,
Il faut passer par un laboratoire accrédité COFFRAC.
Cdt,
Bonjour
Je souhaiterais savoir quelle méthodologie utilisé pour faire évoluer ses critères microbiologiques sur des aliments tout en se basant sur la réglementation ( afssa, fcd,CE 2073/2005°)?
Doit obligatoirement être en dessous ou égale aux critères définit par les textes réglementaire?
Pour garantir que la limite de 100 ufc/g (par exemple) n’est pas dépassée. Par conséquent, il faut être en-dessous.
Bonjour, je suis justement confronté à ce problème. Je souhaite créer mon entreprise de biscuiterie artisanale. J’ai rencontré un professionnel qui m’a expliqué comment il procède pour fixer la DLC de ses biscuits: Il met dans une boite quelques biscuits ou gateaux (voir l’article très bien fait sur ce blog différence entre biscuitier et patissier), il surveille jour après jour leur évolution visuellement, si au mois de 6 mois (par exemple) il y a des points de moisissure il fixe sa DLC à 4 ou 5 mois. Personnellement je préfèrerais faire faire des analyses microbiologiques pour m’assurer de la sécurité alimentaire de mes biscuits mais là où ça me met le doute c’est qu’il a son entreprise depuis 15 ans!!!! si sont procédé n’était pas fiable il aurait eu des problèmes depuis longtemps non??? Mon entreprise verra le jour (si tout se passe bien) dans 1 an. Je voudrais commencer à faire mon échantillothèque pour ajuster mes dosages d’agent de texture et conservateur si besoin, mais je n’ai pas encore mon labo. Je me dis donc qu’il est stupide de faire faire des tests microbiologiques en laboratoire (qui coute 2 bras apparemment^^) si je n’ai pas l’environnement optimum à la confection de mes biscuits. Sauf que je n’ai pas encore le budget pour financer la création du labo (je dois intégralement le créer dans mon garage). Je suis donc au point mort, je suis bloquée et ça me pèse moralement. J’ai beau tourner le problème dans tous les sens je ne vois pas de solution….sauf attendre….que je gagne au loto^^. Si vous avez des réponses ou des propositions je suis preneuse^^
Bonsoir Emilie,
Cette personne a fait dans un premier temps des recherches sur les éventuels germes pathogènes qui pourraient se développer dans ses biscuits ! Ensuite, il a confirmé ses recherches avec des analyses réalisées au début de son activité.
Les biscuits, si le process de fabrication est toujours le même (ingrédients, quantité, matériel, BPH, …), alors il y a peu de possibilité que des germes s’y développent.
Nous savons tous que les biscuits ont une Aw très faible, donc peu enclin au développement de bactéries pathogènes !
Bonjour,
Je souhaitais juste vous signaler la note de service de la DGAL (DGAL/SDSSA/N2006-8048) de février 2006 à propos des critères microbiologiques applicables aux aliments ne dit pas autre chose :
« La sécurité des aliments est principalement assurée par une approche préventive (bonnes pratiques d’hygiène et application des principes de l’HACCP). Les critères microbiologiques donnent des références concernant l’acceptabilité des denrées et des procédés de fabrication mais pour des raisons liées par exemple à l’échantillonnage et la faible prévalence de certains dangers, les analyses microbiologiques ne peuvent jamais garantir la sécurité d’un produit analysé. »
Cordialement, Albert Amgar
Bonjour Albert,
Effectivement il est bien noté ceci dans ce document.
Cependant, il est aussi noté à la page 4 du même document, que :
“Les contrôles microbiologiques, qu’ils soient réglementaires ou non, mis en place à titre d’autocontrôles, entrent dans le cadre des mesures de vérification du plan de maîtrise sanitaire défini par chaque opérateur.”
En effet, lors de l’analyse des dangers et des points critiques pour leur maîtrise, le professionnel peut, au travers de cette analyse, définir des autocontrôles basés sur les critères microbiologiques.
De plus depuis juillet 2009 des critères indicateurs d’hygiène des procédés ont été élaboré. Je vous les transferts ici tous (du moins concernant essentiellement la remise directe). Il est vrai que ces critères ne sont pas obligatoires, mais une application volontaire propre du professionnel.
Par conséquent, le professionnel peut mettre en place des contrôles microbiologiques si à la suite de son analyse des dangers, il en est ressorti un élément nécessaire. Mais rien ne lui impose. La réglementation lui propose ce mode.
Il est vrai que sur les sites d’analyse microbiologiques pour les professionnels de l’agroalimentaire, ils mentionnent souvent un caractère obligatoire (“les analyses microbiologiques sont obligatoires”).
Qu’en pensez-vous ?
Pour moi, les auto contrôles sont obligatoires:
-Article L.212-1 du code de la consommation
-Article 17 de l’arrêté du 9 mai 1995.
Etes-vous d’accord?
Oui, les auto-contrôles sont obligatoires !
Mais, les contrôles avec des critères microbiologiques ne sont pas imposés par la réglementation.
Cependant, suite à une analyse des dangers grâce à la méthode de l’HACCP, on peut déterminer un auto-contrôle avec un critère microbiologique.
J’espère que je ne me suis pas trompée en lisant la réglementation.
Qu’en pensez-vous ?
J’espère que vous pourrez m’éclairez sur un exemple concret:
Je fabrique des millefeuilles avec de la crème pâtissière, tout le monde est d’accord que le danger se trouve ds la crème à cause des œufs. Un agent de la DDPP se présente chez moi et me demande mes auto contrôles afin de prouver que mon produit est sûr: le seul contrôle valable sera un contrôle microbiologique non?
La réglementation n’impose pas le critère microbiologique mais je ne vois que lui de valable!
Si vous avez d’autres exemples avec d’autres types d’auto contrôles, je suis preneuse!
Bonjour Emmanuelle,
Je vois le contrôle de la température du frigo où sera stocké la crème pâtissière, avec un thermomètre qui fait le mini/maxi. Il contrôle donc la variation entre ces 2 températures et permet de définir si le frigo a été ouvert trop longtemps. Et ainsi on peut déterminer s’il y a des actions correctives à mettre en place.
La présentation de :
– La date de fabrication de la crème imposée sur son emballage.
– de la date de fraicheur des oeufs utilisés.
Et pourquoi pas un contrôle microbiologique.
Si quelqu’un d’autre a une autre idée… dites le nous 😉
Bonjour,
La maitrise du refroidissement rapide si crème “à chaud” ?
La réalisation systématique des autocontrôles, en particulier de température, sont une meilleure indication qu’une analyse microbio réalisée à une fréquence annuelle…
Faire des analyses microbio, oui, mais la fréquence ?
Une analyse microbio seule ne veut rien dire. Elle est uniquement un indicateur, qui ne peut permettre de dire que l’ensemble de la production est satisfaisante.
Il faut que les analyses microbio restent à leur place : un indicateur. Un audit des BPH est bien plus révélateur.
Bonjour Vincent et bienvenue sur le blog 😉
Effectivement les analyses microbiologiques sont des indicateurs, où à un moment t, elles permettent de dire si une ou des bonnes pratiques d’hygiène ont été employées efficacement ou pas.
C’est vrai que la fréquence n’est pas définie. On pourrait se dire qu’au mieux, il faudrait le faire tous les jours. Mais cela est impensable pour les restaurateurs ou les jeunes auto-entrepreneur qui se lancent comme traiteur.
La mise en place des bonnes pratiques d’hygiène est INDISPENSABLE. Nous sommes là tous d’accord. 🙂
A bientôt sur le blog 😉